Pantoprazole được sử dụng để điều trị ngắn hạn xói mòn và loét thực quản cho người lớn và trẻ em từ 5 tuổi trở lên do bệnh trào ngược dạ dày thực quản.[8] Nó có thể được sử dụng như một liệu pháp duy trì để sử dụng lâu dài sau khi có phản ứng ban đầu, nhưng chưa có nghiên cứu kiểm soát nào về việc sử dụng pantoprazole trong thời gian 12 tháng.[8] Pantoprazole cũng có thể được sử dụng kết hợp với kháng sinh để điều trị loét do Helicobacter pylori gây ra . [9] Nó cũng có thể được sử dụng để điều trị lâu dài hội chứng Zollinger-Ellison.[8] Nó có thể được sử dụng để ngăn ngừa loét dạ dày ở những người dùng NSAID.[2]